جسد او را به دريا انداختند . صاحب حدائق در كتاب لؤلؤة البحرين از بعضى كتب مورد اطمينان نقل كرده كه : شهيد ثانى را به امر سلطان سليم ، پادشاه روم در پنجم ربيع الأول سال 965 هجرى در مسجد الحرام بعد از نماز عصر دستگير كرده و چهار روز در بعضى از خانه‌هاى مكه زندانيش كردند . سپس از راه دريا ، به قسطنطنيه‌اش برده ، و در همان سال در آنجا به قتلش رساندند ، و جسدش سه روز بر روى خاك مانده ، و بعد از آن به دريا انداختند . از كرامات شهيد يكى اينست كه شاگردش شيخ حسين پدر شيخ بهائى نقل مىكند : كه روزى با او در محلى از اسلامبول مىگذشتيم . شهيد مرا مخاطب قرار داد و فرمود كه در اين نزديكى مردى صاحب شأن در همين موضع كشته خواهد شد . ( كه منظور از آن مرد خودش بود . رضوان اللَّه عليه ) بررسى حال اين رجال و جريان شهادت اين رادمردان ، جاى دست استعمارگران و فتنه انگيزان را نشان مىدهد كه تا چه حد در تفرقه مسلمين كوشيده‌اند ، و تا چه حد از وحدت مسلمين وحشت داشته‌اند . چنانچه نمونه‌هاى بارز آنها را امروز نيز مىبينيم . يكى از آثار ارزندهء شهيد ثانى ، همين كتاب مسكن الفؤاد است كه به عنوان ارمغان شهيد ، تقديم به بازماندگان شهداى راه اسلام مىگردد . اميد است مورد استفاده قرار گيرد و خداى تعالى اين ناچيز را از اين ناچيز بپذيرد . عباس مخبر دزفولى